La chiesetta è costituita da una struttura semplice: un rettangolo unico di circa 5 metri di altezza per 7 metri di profondità con un abside poligonale, sulla parete sinistra in una piccola nicchia arricchita con una cornice decorativa in marmi policromi si trova in una scultura in marmo bianco della Madonna d'autore anonimo.
Nel 1506, cent'anni più tardi, i figli di Antonio ridisegnarono e sistemarono la chiesa nell'impianto sostanzialmente giunto fino a noi e a ricordo del padre fecero murare all'esterno di essa una lapide ancora ivi esistente.
Nel corso degli anni, la chiesetta diventa testimone di numerose epidemie di peste: se ne contano 11, quella più famosa del 1630 detta del Manzoni, avendone lo scrittore diffusamente trattato nei Promessi Sposi.
Non è escluso che in questo periodo, anche nella chiesa come nelle stanze della casa del massaro (annessa alla chiesa stessa) siano stati ricoverati gli infetti di peste; è certo comunque che attorno sorgeva capanne protette da assiti e che in questo luogo furono sepolte più di duemila persone morte nei contagi.
Dal Lazzaretto di Saronno però se ne parlerà in altra occasione, sicuramente nelle prossime edizioni.
In settecento anni di storia numerose sono state le visite pastorali di Monsignori e Cardinali alla piccola chiesa (con tutta probabilità consacrata da S.Carlo Borromeo) e molti sono stati anche i segni materiali ad essi lasciati, purtroppo quasi tutti cancellati nel tempo.
A testimonianza di questo passato restano due statue risalenti ai primi del 1500: una in legno raffiguranti San Rocco e l'altra in cotto raffiguranti Sant'Antonio; la prima collocata in una nicchia nella parete destra della chiesa sopra una teca contenente alcune ossa di appestati e l'altra insieme ad una statua in marmo di S.Giovanni, collocata nella parte terminale dell'abside sopra un altare consumato dal tempo ma sempre di suggestiva bellezza.
Un riquadro ligneo nel pavimento con richiami dello stesso ai suoi quattro lati, fa bella mostra di sé ai piedi della mensa che nel giorno di festa del Santo si arricchisce di quattro reliquiari in argento del 1700: S.Illuminato, S.Prospero, S.Valentini e S.Candido.